西安增材制造国家研究院有限公司设有股东会、董事会、监事会，董事会下设研究院运营班子，运营班子负责公司日常管理与运营。公司设财务部、技术服务部、国际合作部、人力资源部、技术推广部、技术研发部以及培训部分别按照职能对公司负责。